De fokwaarde is een extra hulpmiddel om als fokker in te kunnen schatten in hoeverre het gebruik van een hond voor de fok de kans op een bepaald kenmerk in de volgende generatie in positieve of negatieve zin zal kunnen gaan beïnvloeden.

Deze fokwaarde wordt berekend op basis van beschikbare gegevens omtrent de mate waarin dit kenmerk wordt teruggezien binnen de familie waar het fokdier deel van uitmaakt. 

De betrouwbaarheid van de schatting is naast de betrouwbaarheid van de gegevens en de hoeveelheid gegevens,  afhankelijk van  het niveau waarop zij zijn verkregen.

We onderscheiden hierbij de volgende drie niveau’s, in volgorde van toenemende betrouwbaarheid:
1. de vorige generatie   (vader, moeder, oom, tante)
2. het fokdier     (fokdier, neven, nichten)
3. de volgende generatie  (de nakomelingen)

Door het totaal van deze beschikbare gegevens te combineren kan een redelijk betrouwbare inschatting worden gemaakt van de genetische aanleg van een dier voor dit kenmerk.
Voor alle honden binnen een rashondenpopulatie kan een fokwaarde worden berekend. Als de fokwaarde van een hond boven de gemiddelde fokwaarde van deze populatie ligt, draagt het fokdier dus genen die meer dan gemiddeld bijdragen aan de uitkomst van dit kenmerkt.

Door de selectie van ouderdieren met een lage fokwaarde voor een bepaald ongewenst kenmerk kan dus de verspreiding van ongewenste genen terugbrengen, waarmee de kans op dit kenmerk in de volgende generatie zo klein mogelijk worden gehouden.

Fokwaardeschattingen zijn al jaren succesvol ingezet in het fokbeleid van landbouwhuisdieren en inmiddels zijn ook successen zijn ook behaald binnen de hondenfokkerij.

Hieronder ziet u een staafdiagram, waarbij zichtbaar is hoe na de implementatie van fokwaarden voor heupdysplasie in de jaren '90, het aantal HD-vrije honden (in blauw) is gestegen. (bron: Beuing, 2003)