Genetische variatie beschrijft het aantal (theoretische) verschillende allelen binnen een populatie.

De werkelijke genetische variatie kan eigenlijk alleen op dna-niveau worden bekeken, maar daarbij zou van alle honden in de populatie dna-onderzoek plaats moeten vinden. In het algemeen wordt gesproken van de genetische variatie in een rashondenpopulatie in relatie tot inteelt.

Hoe hoger het inteeltniveau hoe lager de genetische variatie.

De genetische variatie in een rashondenpopulatie bepaalt in feite de basis voor de hondenfokkerij. Door zijn keuze voor een reu/teef-combinatie bepaalt de fokker welke genen worden doorgegeven aan de volgende generatie.

Als de meeste dieren exact hetzelfde genotype hebben, is er weinig genetische variatie en valt er weinig meer te kiezen.

De meeste dieren dragen in dat geval immers exact dezelfde erfelijke aanleg, waaronder ook de aanleg voor bepaalde schadelijke erfelijke aandoeningen. De mogelijkheid om door selectie van een reu/teef-combinatie enige invloed uit te oefenen om deze schadelijke aandoeningen terug te dringen wordt dan zeer beperkt.

De populatie wordt in het geval van weinig genetische variatie zeer kwetsbaar.

Binnen het fokbeleid van de rashondenfokkerij dient daarom altijd gestreefd te worden naar het handhaven van de genetische variatie.

Hoe meer genetische variatie hoe sterke de populatie!